Mmmm creo que es bastante complicado, ya que el script esta hecho para comprobar y trabajar con imagenes. Sin embargo si se puede hacer. Creo que al final del $modo==3 (donde ya vacia errores y tira salidas) crear tu condicional para tipos exe.
De todos modos no esta considerado en ningun momento hacer de chevereto un sistema para archivos que no sean imagenes, me temo que estaras solo en este aspecto.
:/