La diferencia entre subir por FTP o por PHP es mínima. En ambos métodos se toma un post y se crea una imagen, la diferencia es que el FTP esta hecho para configuraciones de servidor que no tienen los permisos necesarios para que el php lo haga solo.

Es decir, de todos modos el script toma memoria para crear imagen, hacer esto o aquello.. La única diferencia esta en que función emplea. Por ejemplo para borrar una imagen en proceso, emplea "unlink" mientras que por ftp se emplea "ftp_delete"

Técnicamente debe existir una pequeña diferencia en cuanto a consumo pero debe ser muy pequeña como para que te preocupes por eso... Ahora si tienes tiempo libre corre benchmarks y nos dices cuantos milisegundos más rápida es una vs la otra